A resposta mais curta para esta pergunta é: nunca! A resposta mais longa não é tão absoluta e por isso requer um pouco de explicação. Frequentemente você lerá algum tutorial para Magento ou algum post em fóruns que ensina criar uma implementação ou alteração em algum comportamento padrão do Magento e, óbvio, altere diretamente alguma …
Tiago Sampaio 